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在观察组织细胞形态改变时，特殊染色既能观察到其组织成分的变异，又能对HE染色中看到的组织或细胞内某些相似物质或结构（如胶原纤维、色素或空泡等）进行鉴别以及区别病灶中的病原体等问题。经过先辈不懈努力，先后创建了含铁血黄素染色、结核菌抗酸染色、胶原纤维和肌纤维的Van Gieson染色及脂肪染色等。
组织化学染色是把组织学、细胞学和生物化学结合在一起的一门染色技术，应用某些试剂或化学染料与组织细胞内的化学成分进行特异性反应或染料分子结构的某些基团与组织内的相应基团特异性结合而显色，既能确定组织细胞的某些特殊成分，又能显示出这些特殊成分在组织细胞中的分布和含量以及在病变时所发生的变化。例如显示肝糖原的高碘酸-无色品红（糖原PAS）染色法，组织切片先经高碘酸氧化，使组织中含有己糖结构的碳键打开，生成二醛，后者与无色品红/雪夫结合呈阳性反应，形成紫红色颗粒状复合物，可以用消化法做对照可以确定是否真的为糖原物质。因此，PAS染色可以确定肝细胞内糖原的存在，通过观察糖原的分布和含量以及变化，可了解肝细胞的功能状态。因此，蛋白质、糖类、核酸、色素、某些金属盐和脂肪等特殊染色以及各种酶类的显色反应都属于组织化学染色技术。
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