杀菌灭藻剂与菌藻和微生物接触后，快速断开细菌和藻类蛋白质的键不可逆地抑制其生长、新陈代谢进而导致微生物菌藻的死亡，故对常见细菌、真菌、藻类等具有很强的抑制和杀灭作用。杀生效率高，降解性好，具有不产生残留、操作安全、配伍性好、稳定性强、使用成本低等特点。同时杀菌灭藻剂并对对附着在管道壁上的生物粘泥有优异好的剥离效果，可作为粘泥剥离剂使用。
杀菌灭藻剂本身是没有什么毒性的，所以在使用过程当中不会对人体产生危害，再就是对水质的影响也不是很大，这样的性能特点，使得它可以在纺织、石油等领域当中发挥着重要作用。作为阳离子表面活性剂，杀菌灭藻性能好、效果明显、适用范围较为广泛、并且还可以有效的控制住水中菌藻类的繁殖生长、具有交强的分散性。
在使用的时候杀菌灭藻剂的稀释比例一般是消泡剂对稀释为1：1或者是1:9都可以，根据实际情况而定，这样可以便于改善消泡粒子大小之间的合理分布，有利于性能的发挥，在添加杀菌灭藻剂的时候要注意个人防护，毕竟属于化学物品，所以在使用的时候要避免接触到皮肤，使用时应佩戴手套和眼镜。如有不慎，溅到皮肤上或眼睛里，立即用大量清水清洗，也可配制10 %亚硫酸氢钠擦洗，及时就医。
杀菌灭藻剂使用方法：在循环冷却水中作生物粘泥的剥离剂用时，可投加150-300 mg/L。杀菌灭藻时视菌藻滋生情况，每隔3-7天投加50-100 mg/L。杀菌灭藻剂不能与其它氧化性杀生剂并用。
