循环冷却水系统中的微生物危害在冷却水硬度和碱度不高的情况下，微生物的危害是循环冷却水系统安全运行的主要障碍，主要表现有：
1、恶化水质，加大动力消耗，损坏设备。冷却水中微生大量繁殖，会使水的通道缩小，阻碍水流，增大能耗，损坏设备。
2、形成生物粘泥。冷却水中的微生物混合泥沙、无机物和尘土等，形成生物粘泥。生物粘泥会降低热效率，恶化水质，引起设备管道局部腐蚀。
3、形成生物垢，促进腐蚀。生物垢主要是微生物生长所致，它会出现在水系统和工业用水相接触的各个部位，它是工业冷却水发生故障的主要原因。
4、使缓蚀剂失效或部分失效。微生物的新陈代谢活动会使缓蚀剂、阻垢剂发生分解，致其失效或部分失效。
5、污染冷却水，产生致病菌，危害人体健康。循环冷却水中的微生物，有些是致病微生物，可直接危害人体健康。
效果好的杀菌灭藻剂一般有以下特点：广谱杀生，对菌、藻、真菌均有效；低毒，对环境友好；性价比高；易于使用和贮运。综上所述，控制冷却水系统微生物生长的药剂自然是低毒、无氯、广谱、高效的杀菌灭藻剂。
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