（1）大家可以在新鱼池刚投入使用时，在初放鱼的时间段里可以相应地投放一些高效的净水菌种，这些菌种一旦在你的鱼池和滤器里安下家来并繁衍生息，对日后的鱼池生态将有着非常突出的作用；在没有放鱼的新池里投入这些菌种将不会有什么作用，因为这样的水中缺乏这些微生物们赖以生存的营养物质。
（2）在每年的春季清洗滤器并准备重新给鱼投食的时间段里也适当地投放一些，以帮助因为冬季的寒冷而停滞或损失的菌种数量迅速得以恢复到较高的水平
（3) 在偶尔大量或是彻底换水的情况下也可以适当补充些有益菌种。
（4）有些时候比如鱼病治愈后的恢复阶段也可以适当加以补充。
我们最经常投入的菌种是硝化细菌，至于光合细菌是水中所固有的，一般对于室外的鱼池来说并不需要投放。应该注意到的是，市售的液状硝化细菌有多少活性的成份是相当值得怀疑的；有条件的鱼友用高效的冻干剂效果会更好的。
第二种办法是高效的，但一般不适合于推广。就是在投入新的菌种前把原先饲水里的土著微生物进行杀灭，这样新投入的菌种自然而然就很容易形成种群的优势了。这种办法多适用于实验室的环境和条件，在这里我们没必要进行深入的探讨。
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